C'est très certainement dès le début des années 1120 qu'Hugues de Payns fonde la commanderie de Payns, la première maison du Temple d'Occident à être mentionnée dans les textes.
Comme les autres établissements de ce type, la commanderie de Payns était un centre d'exploitation agricole doté d’une chapelle destiné à produire des biens destinés à soutenir l’armée templière combattant en Orient. Les bâtiments de cette commanderie s’étendaient sur trois hectares au centre d’un vaste territoire de deux cents hectares sur le finage de Payns.
En septembre 1998, un sondage archéologique eut lieu sur le site de la commanderie d’Hugues de Payns. La fouille systématique de l’ensemble ne fut pas retenue malgré l’importance primordiale que peut revêtir la commanderie de Payns pour l’étude de l’Ordre des Templiers dans le cadre de l’histoire médiévale. L’archéologue décida le dégagement superficiel de l’ensemble de la chapelle pour en déterminer le plan. La semaine de sondage consista donc à dégager, avec d’infinies précautions, l’ensemble des fondations de la chapelle.
On pourrait reconstituer l’intérieur de la chapelle grâce aux éléments décoratifs et architecturaux retrouvés dans les monticules de terres formés par le dégagement de la chapelle que l’on peut comparer à d’autres édifices de la région. Les fragments de colonnettes proviennent certainement d’une porte et les morceaux de verres et de plombs témoignent de l’existence de vitraux.
On a découvert un élément sculpté provenant d’un arc trilobé qui surmontait peut-être une piscine. D’autre part, comme il était d’usage à l’époque, les murs de la chapelle de la commanderie de Payns étaient couverts de fresques dont quelques fragments ont été dégagés. Ils représentent des décors simples en faux joints évoquant un appareillage fictif.
Le plus extraordinaire est ce dallage multicolore découvert lors du dégagement de l'emplacement de la chapelle. Celui-ci est composé de carreaux vernissés multicolores d’environ 20 cm sur 20 cm et 4 cm d’épaisseur. On avait déjà retrouvé ce genre de carreaux typique du XIIe siècle dans plusieurs établissements cisterciens mais l’intérêt de la découverte de Payns tient dans le fait que l’on a retrouvé ces carreaux, pour la première fois, dans leur disposition d'origine!
